Básicamente la diferencia es muy clara: el interruptor diferencial sirve para proteger a las personas y el magnetotérmico para proteger a los aparatos e instalaciones.
Lo normal es que ambos mecanismos se encuentren en el cuadro eléctrico de tu vivienda. Aunque aparezcan integrados en el cuadro eléctrico, son dos interruptores independientes que cuentan con diferente funcionamiento y utilidad.